El apellido Borgoñón (o su variante Borgoñón) es un apellido de origen toponímico. Esto significa que se originó para identificar a una persona que provenía de un lugar específico.

El apellido proviene directamente del gentilicio borgoñón, que designa a los naturales de Borgoña (Bourgogne en francés), una histórica y famosa región situada en el centro-este de Francia.

En la Edad Media, cuando una persona emigraba de su región natal a otra (en este caso, a tierras hispanas), era muy común que la gente la empezara a conocer por su lugar de procedencia (por ejemplo, "Juan, el borgoñón"). Con el paso de las generaciones, ese apodo se estabilizó como un apellido familiar hereditario.

Cita mosén Jaume Febrer en sus Trovas: «Pedro de Borgoñón (Pere de Burgunyó), dejando su casa solar en Bretaña la menor, situada dentro de Francia, vino a la guerra, para acreditar su valor y sangre, contra la infiel canalla morisca: lo que reconocido por el Rey don Jaime I le premió, dándole hacienda en el pueblo de Guardamar. Sus armas eran unas flores de lis plateadas, puestas a manera de banda, sobre campo azur.»

Las de Pedro de Borgoñón (Pere de Burgunyó) que vino de Bretaña a la conquista de Valencia y quedó heredado en dicho reino traen: En campo de azur, seis flores de lis de plata puestas en dos bandas. 

Otros: En campo de gules, seis roeles de oro.