El apellido Encío (registrado en las fuentes históricas burgalesas, riojanas y de la cuenca del Ebro bajo las grafías Encío, Encio, Enzío y las variantes microtoponímicas De Encío, Encío-Solares o Encinillas) es un linaje noble de origen toponímico,  procedente de la geografía histórica de la provincia de Burgos (con solar matriz en la villa y concejo de Encío, ubicado en la comarca de la Bureba / Ebro, cerca de Miranda de Ebro).

Designó originariamente a los caballeros e hijosdalgo procedentes de la villa señorial, fortaleza o término de Encío ("el señor o procedente de la villa de Encío" / "el del solar del encinar"), pasando a consolidarse como oikónimo y apellido de linaje hereditario.

En los protocolos bajomedievales y padrones de hidalguía consta registrado bajo las formas Encío o Encio, manteniendo su arraigo toponímico en las merindades burgalesas.

Tuvo su casa matriz e hidalga en la villa de Encío (Burgos), extendiéndose tempranamente hacia Miranda de Ebro, Briviesca, La Rioja (Haro y Santo Domingo de la Calzada), Álava, Valladolid, Madrid y Andalucía durante los siglos XVII y XVIII.

Registrado en los padrones de pecheros e hijosdalgo de la Merindad de la Bureba y La Rioja, en los libros sacramentales de las parroquias burgalesas y en la Sección de Hijosdalgo de la Real Chancillería de Valladolid.

Los miembros del linaje Encío ostentaron la condición de hijosdalgo de sangre y de solar conocido en las merindades de Castilla la Vieja, figurando inscritos en las matrículas nobles con exención tributaria de pechas, inmunidad fiscal e insaculación para los oficios concejiles.

Diversas ramas probaron su hidalguía, filiación y limpieza de sangre ante la Sala de los Hijosdalgo de la Real Chancillería de Valladolid para la expedición de ejecutorias de nobleza y confirmación de sus privilegios forales.

Escudo de piedra, y en el primero y principal cuartel se veían cinco flores de lis, y debajo, un caldero. No se indican los esmaltes.