El apellido Jonense (registrado en las fuentes históricas levantinas, alicantinas y del Reino de Valencia bajo las grafías Jonense, Xonense, Jonens y las variantes gentilicias oikónimas Del Jonense o Casa Jonense) es un linaje de origen gentilicio, toponímico y de casa solariega, vinculado originariamente a la villa y municipio marítimo de 

Procede de la derivación culta latinizada del étimo toponímico de Villajoyosa (Vila Joiosa / Jonosa / Ionis), formada mediante la adición del sufijo latino de procedencia e identidad -ense (Jonense, "el natural, habitante o señor procedente de la villa de Villajoyosa / La Vila Joiosa").

Surgió en la Baja Edad Media y comienzos del periodo moderno como apodo gentilicio de origen o patronímico para distinguir a los caballeros, marinos, patrones de embarcación o hidalgos procedentes de Villajoyosa que pasaron a residir en otros concejos del Reino de Valencia, Alicante o Murcia ("el linaje del Jonense"), fijándose tempranamente como apellido hereditario.

En los protocolos de las escribanías del Reino de Valencia figura anotado bajo las grafías Xonense o Jonens. Con la estandarización castellano-valenciana de los siglos XVI al XVIII, los asientos eclesiásticos estandarizaron la forma Jonense.

Tuvo su solar matriz e hidalga cuna en la villa de Villajoyosa (Marina Baixa, Alicante), extendiéndose tempranamente hacia la ciudad de Alicante, Orihuela, Elche, Murcia, Valencia y las comarcas del Vinalopó, pasando a partir del siglo XVIII hacia el ámbito hispanoamericano.

Registrado en los libros sacramentales de la parroquia de Nuestra Señora de la Asunción de Villajoyosa, en los fondos del Archivo Histórico Municipal de Alicante, en el Catastro del Marqués de la Ensenada y en las matrícules de marinos e hidalgos del Reino de Valencia.

Los miembros del linaje Jonense / Xonense figuraron inscritos en las listas concejiles de insaculación, patrones de buques y jurados de Villajoyosa y Alicante, disfrutando de exención de pechas e inmunidad fiscal en las matrículas de estado noble y de distinción.

Sus miembros justificaron filiación, naturaleza y hidalguía ante la Real Audiencia del Reino de Valencia y ante los tribunales concejiles para el goce de sus ejecutorias y la insaculación en los oficios de gobierno municipal.

En campo de sinople, una torre, de oro, almenada y mazonada de sable.