El apellido Llagunes es una variante pluralizada del apellido Llaguna, de indiscutible origen toponímico y naturaleza catalana. Se trata de un linaje de baja frecuencia y carácter marcadamente monofilético, cuya historia está estrechamente ligada a la geografía de la Cataluña Vieja (Catalunya Vella).

Filológicamente, procede de la voz catalana medieval llagunes (lagunas), plural de llaguna (del latín lacuna, que significa "balsa de agua", "laguna" o "terreno pantanoso"). En la formación de apellidos toponímicos medievales, la adopción de la forma en plural solía responder a dos motivos: Hacer referencia a la procedencia de un paraje o propiedad caracterizado por la presencia de varios humedales o balsas de agua (les llagunes) o designar colectivamente a los miembros o descendientes de una casa solariega originaria de un lugar llamado Llaguna ("los Llagunes").

El apellido comparte raíz histórica con el gran solar de La Llacuna (municipio de la comarca del Anoia, Barcelona), un enclave fortificado medieval de gran relevancia bajo el dominio de los condes de Cardona.

Sin embargo, debido a su naturaleza pluralizada, también pudo surgir de manera independiente en microtopónimos de las comarcas de la Cataluña occidental y zonas de la cuenca del río Segre (Lleida), donde existían heredades y términos denominados Llagunes (como el pueblo de Llagunes en el Pallars Sobirá).

Los censos de población bajomedievales (fogatges) documentan el movimiento de estas familias desde sus núcleos montañosos o rurales hacia las llanuras agrícolas y los centros urbanos del Principado de Cataluña.

En campo de oro, un sol, de gules.