El apellido Tubilleja es un linaje arcaico castellano de origen toponímico, orográfico e hidro-agrimensor, derivado en línea directa de la misma raíz tufa / tophus que Tubilla, pero con un grado diminutivo o afectivo doble (-illa + -eja), propio de la microtoponimia septentrional de las Merindades burgalesas.

l apellido toma su nombre del pueblo y concejo de Tubilleja (localidad integrada en el municipio de Valdebezana / Las Merindades, en el norte de la provincia de Burgos):. Situado en una zona de parameras, cañones e hondonadas calcáreas cerca del embalse del Ebro y el cañón del Ebro, el lugar de Tubilleja debe su nombre al afloramiento de pequeñas fuentes tobáceas que fertilizan el valle.

Desde su solar primitivo en Valdebezana, el apellido se difundió por la comarca de Merindades (Villarcayo, Medina de Pomar), el alfoz de Briviesca y pasó tempranamente a los valles cántabros limítrofes (Campoo, Valderredible) y a la Encartación vizcaína.

Portadores del apellido Tubilleja litigaron y ganaron sus correspondientes ejecutorias de hijosdalgo de sangre y casa solar conocida ante la Sala de los Hijosdalgo de la Chancillería de Valladolid, acreditando el origen libre y solariego de su casa en la provincia de Burgos.

Constan menciones en los padrones de las Merindades de Burgos y en el Catastro del Marqués de la Ensenada (1752), donde la familia figura ejerciendo como hidalgos de fuero, mayorales de labranza y miembros de concejos abiertos.

En campo de oro, un águila exployada, de sable.